En la noche del 25 de septiembre, en el Palacio de San Carlos de Bogotá, un grupo de conspiradores entre civiles y soldados comandados por Pedro Carujo, intentó asesinar a Simón Bolívar. Luego de forzar la puerta principal del palacio y asesinar a dos guardias, se dirigieron a la habitación del libertador, pero Manuela Sáenz se percató de lo que acontecía y lo convenció para que escapara por la ventana.

Meses atrás, la oposición y simpatizantes de Francisco de Paula Santander iniciaron la conspiración debido a las marcadas diferencias con la política de Bolívar. De estos encuentros, surgió la idea de matar al prócer caraqueño.

Durante los días que siguieron al atentado, varios de los conspiradores fueron arrestados, sometidos a juicio sumario por una corte militar, incluyendo a militares de alto rango sobre los que se tuviera alguna sospecha.

En este proceso fueron condenados a muerte algunos opositores que no participaron en la acción, entre los que se incluyó al Almirante José Prudencio Padilla, Vicente Azuero, entre otros. Sin embargo, a cómplices directos de la conspiración como el Capitán Emigdio Briceño, Luis Vargas Tejada, Florentino González y hasta Pedro Carujo, el sabido enemigo de Bolívar, fueron juzgados por el Consejo de Ministros y hallados culpables pero finalmente indultados. En un juicio que violó el debido proceso, Santander fue encontrado culpable y fue degradado, expulsado y condenado a morir fusilado por la espalda, pero su pena fue reemplazada por el exilio.

Los acontecimientos de la Conspiración Septembrina y los posteriores juicios por el Consejo de Ministros contribuyeron a avivar las contradicciones entre sectores venezolanos y neogranadinos, lo cual dio vía libre para la disolución de la Gran Colombia.